Las consultas al catálogo de la CECT se pueden realizar de tres maneras diferentes:
Listado de cepas. Mediante esta opción se presentan todas las cepas de la CECT agrupadas por géneros y especies en un listado alfabético.
Búsquedas. Permite realizar búsquedas empleando dos criterios y un conector, que puede ser "Y", "O" y "NO". Este método permite seleccionar el número máximo de cepas obtenidas en la búsqueda entre 25, 50 y 100.
Los términos de búsqueda deben estar en inglés
Selección de una cepa mediante su número de la CECT. Introduciendo el número de la cepa en la CECT se obtendrá directamente la ficha de la cepa en el marco correspondiente. En este caso hay que tener en cuenta el catálogo de microorganismos en el que nos encontremos.