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Ocupa una superficie de unos 300 m2 y dispone de un despacho y dos laboratorios (uno para Microbiología y otro para Biología Molecular). Anexos al de Microbiología se encuentran una cocina para limpieza y esterilización y una zona para la liofilización. También se encuentran dos cámaras frías para conservación de medios de cultivo y de hongos respectivamente, una cámara climática para la conservación a largo plazo, y un espacio separado para almacenar material de embalaje.
Los equipos son los propios de un laboratorio de Microbiología con las características de una colección de cultivos microbianos, a los que se añaden, en el laboratorio de Biología Molecular, aparatos de PCR, equipos para electroforesis, analizadores de imagen provistos de los correspondientes programas de análisis, etc, etc.
Gran parte de los microorganismos que componen la colección se hallan liofilizados en ampollas de vidrio, que se mantienen protegidos de la luz solar en bolsas opacas de plástico negro, y ordenados por el número que les corresponde en el catálogo de la CECT. Estos liófilos están en una cámara climática que se mantiene permanentemente a 18°C para una mejor conservación de los mismos, y asegurar así una mayor viabilidad en la rehidratación posterior. Sin embargo, algunos de los microorganismos liofilizados necesitan ser mantenidos a 4°C, ya que a 18°C su viabilidad es muy baja. Para ello, en la CECT disponemos de un almacén a 4°C, donde mantener estos liófilos. Además de mediante liofilización, los cultivos recientemente depositados se conservan a -150°C.
A pesar de que la gran mayoría de los microorganismos que están incluidos en la CECT se pueden conservar liofilizados, existen otros, principalmente hongos filamentosos, que no se pueden conservar de esta manera, y es necesario mantenerlos vivos, resembrándolos periódicamente y manteniéndolos a 4°C.
En relación al equipamiento informático, para el alojamiento de la web y las bases de datos asociadas, la CECT cuenta con dos servidores, que albergan además el correo electrónico y los archivos compartidos. También cuenta con un servidor de biología molecular desde donde son accesibles diversos programas de manipulación y alineamiento de secuencias. Asímismo cuenta con un servidor de copias de seguridad que recibe diariamente los datos del resto de servidores.
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