Desde enero de 2011 la CECT está ubicada en la planta baja del Edificio 3 CUE del Parque Científico de la Universidad de Valencia, en Paterna, a 10 Km de Valencia.

Ocupa una superficie de unos 550 m² y está prevista una ampliación de más de 200 m² para 2012, lo cual representa un aumento significativo de espacio respecto a su ubicación anterior.

Dispone de un despacho de dirección, dos salas administrativas y tres laboratorios (para Procariotas -bacterias y arqueas-, para Eucariotas -hongos filamentosos y levaduras- y para técnicas moleculares y quimiotaxonómicas). Cuenta con tres salas dedicadas a la limpieza y esterilización de cultivos y material, preparación de medios de cultivo y liofilización. También dispone de cuatro cámaras frías dedicadas a la conservación de medios de cultivo, mantenimiento de cepas no resistentes a la liofilización o la congelación, mantenimiento de muestras recibidas para su depósito o identificación, y para la conservación a largo plazo de microorganismos, bien liofilizados o en nitrógeno líquido. Cuenta asimismo con una sala de arcones con varios congeladores de -80°C como método complementario/alternativo para la conservación de microorganismos.

El método más eficaz para la conservación a largo plazo es la liofilización, por lo que la mayoría de las cepas que componen la colección se mantienen liofilizadas en ampollas de vidrio protegidas de la luz en bolsas opacas de plástico negro en una cámara climática a 12°C. Sin embargo, algunos grupos microbianos, como es el caso de determinados géneros de hongos filamentosos, no resisten dicho método, por lo que es necesario mantenerlos activos mediante resiembra periódica y almacenamiento a 4°C. Todas las cepas se mantienen asimismo a -80°C.

En relación al equipamiento informático, para el alojamiento de la web y las bases de datos asociadas, la CECT cuenta con varios servidores, que albergan además el correo electrónico y los archivos compartidos. También cuenta con un servidor de biología molecular desde donde son accesibles diversos programas de manipulación y alineamiento de secuencias u otros datos. Asímismo, cuenta también con varios servidores de copias de seguridad para asegurar la integridad de los datos del resto de servidores.